畜牧業已經發展成為農村經濟的支柱產業。發展的同時污染問題也非常嚴峻，如何處理畜禽糞便變廢為寶，實現畜牧業的可持續發展，必須引起高度重視。糞尿污染不僅危害人類生存環境，同時危害畜牧生產安全。近年來，畜禽養殖業向規模化發展以及農牧脫節導致了糞污密度增加。病原菌、微生物大量繁殖傳播危害養殖環境，還嚴重污染了大氣、水體、土壤環境。以下簡要介紹幾種行之有效的糞污處理方法。
一、高溫堆肥法
利用混合機將畜禽糞便和添加物質按一定比例進行混合，控制微生物活動所需的水分、酸堿度、碳氮比、空氣、溫度等各種環境條件，在有氧條件下，借助嗜氧微生物的作用，分解畜禽糞便及墊草中各種有機物，使堆料升溫、除臭、降水，在短時間內達到礦質化和腐殖化的目的。高溫堆肥發酵時間短、營養全面、肥效持久，并且處理設備占地面積小，管理方便，生產成本低，預期效益好。
二、生物處理法
通過應用微生物無害化活菌制劑發酵技術處理畜禽糞便所生產的無害化生物有機肥是一種重要的肥料資源。用于固體有機廢物發酵的菌種主要有絲狀真菌、擔子菌、酵母菌和放線菌，也可采用光合細菌與上述的一些菌種制成發酵劑用于固體有機廢棄物的發酵。在發酵后進行干燥、粉碎，加入一定配比的無機氮、磷、鉀肥料，制成有機復合肥。畜禽糞便通過生物發酵處理后消除了病菌、蟲卵等有害微生物，使環境得到改善和凈化。
三、飼料化技術
糞便資源的飼料化，是畜禽糞便綜合利用的重要途徑。畜禽糞便含有大量未消化的蛋白質、B族維生素、礦物質元素、粗脂肪和一定數量的碳水化合物，特別是粗蛋白質含量較高，經過加工處理后可成為較好的畜禽飼料資源。
四、能源化技術
制作沼氣畜禽糞便中含有大量的能量，利用發酵沼氣不僅可使畜禽糞便中的能量轉化成可燃氣體，還可避免糞尿的肥分損失。沼氣可用作熱源，沼液和沼渣可用來灌溉農田和果園。這種方法體現了物質與能量多層次循環利用技術，實現了畜牧業無廢物、無污染生產。http://www.cjzyw.com
